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然后方以智论述了自然科学和哲学的关系：&ldo;质测即藏通几者也，有意扫质测，而冒举通几，以显其密之神者，其流遗物&rdo;，&ldo;通几护质测之穷&rdo;，&ldo;不可以质测废通几，不可以通几废质测。
或质测，或通几，不相坏也&rdo;。
方以智通过自己深厚的自然科学修养和哲学修养，对当时的西方传教士传过来的知识进行了批判性的吸收，他说&ldo;远西学人，详于质测而拙于通几；然而志士推之，彼之质测，犹未备也&rdo;。
方以智通过对《崇祯历书》中第谷宇宙体系的分析得出结论&ldo;绝对静止的天是不存在的，所谓&lso;大造之主&rso;不过是运转不已的自然之天体。
传教士所谓的上帝不过是臆说。
他用理论用逻辑批判了传教士的创世说，讽刺他们&lso;详于质测而不善言通几，往往意以语阂&rso;&rdo;。
十七、军事上
徐光启在崇祯四年（1631年）上疏建议组建以全火器装备的现代化陆军：&ldo;臣今所拟，每一营所用双轮车一百二十辆，炮车一百二十辆，粮车六十辆，共三百辆。
西洋大炮十六位，中炮八十位，鹰铳一百门，鸟铳一千二百门，战士两千人，队兵二千人。
……行之为阵，止之为营。
遇大敌，先以大小火器更迭击之；……敌在近，则我步兵以出击之；若铁骑来，直以炮击之，亦可以步兵击之。
此则实选实练所致，非未教之民可猝得也。
而不如是，又不足以破敌。
……臣言三聚当用6万人。
若悉皆招募，费必不资，亦未可遽得。
……若先练一营之人，先办一营之器，两者齐备，既成营矣。
一营既成，更办次营，6万人当为15营。
若成就四五营，可聚可散，则不忧关内；成就十营，则不忧关外；十五营俱就，则不忧进取矣。
倘止完一二营，仅可协助大城为守，未堪野战也。
此臣所谓车战之制，应须选募同强，教练同习，营阵同法，器械同利者也。
其见在之兵，则速召孙元化于登州，令统兵以来，可成一营矣&rdo;
这个计划得到了崇祯皇帝激切赞赏和大力支持。
遗憾的是几个月以后孙元化被卖国贼叛军孔有德俘，后放回，孙元化因为渎职罪而被处死。
使得徐光启的练军计划落空，但他却已经指明了中国近现代军事的发展方向了。
没有满清的中断，中国在军事上只会领先于同期的西方而不可能落后。
这里介绍一下孙元化，他是徐光启的学生，也是徐光启新军事思想的大力实践者，孙元化本身在科学上有相当造诣，著有《几何体论》《几何用法》《太西算要》。
可以说没有登州事变，没有孔有德这个丧心病狂的卖国贼的叛变，他会训练出一支相当强大的火器部队来，彻底歼灭满清是没有问题的。
十八、海洋力量
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