十月下旬施琅随郑成功南下攻诏安，从二十九日至十一月初一，连续三天围攻县城。

由于诏安县城墙坚固，清军坚守不出，因而久攻不下。

不得已，郑成功只好下令撤围南下，进抵黄岗，准备攻打潮州总兵郝尚久。

这时，施琅的族叔施福带领澄海人黄海如来投。

施氏叔侄俩曾一同随郑芝龙降清，现在又再次聚于郑军中。

在《先王实录》中杨英记载：黄海如见郑成功后，便劝说郑成功放弃攻打早有准备的潮州城，改为攻掠实力相对弱小之敌，以裕兵饷。

郑成功采纳了他的建议，便以黄海如为谋士，开始挥军征剿各地不遵号令的割据势力，一方面筹集军饷，另一方面补充兵员，扩大力量。

郑成功在挥军攻打这些山寨的过程中，进行过一些残酷的杀戮，以扬军威，树立威信。

这个时期的郑军力量还不甚强大，在当时豪强林立的境况下，采取强硬手段以收威慑之效也是必要的，但却难免杀戮太重；《先王实录》中对此虽有所回避，但仍有记载：&ldo;藩进入洋x（左氵右戎）水，平山寇有员山寨和尚寮恃险不服，攻之，……藩挥令各镇将寨掘平之，男妇一尽剿杀无遗，余寨闻风归顺……&rdo;

当时，潮州土豪多有乡团武装，拥兵割据，占地为王，既不向清朝的官吏纳税交粮，也不服从郑成功的号令，甚至抗拒、偷袭郑军。

鉴于这些地主武装力量不很强大，郑成功决定逐一分兵平定。

《先王实录》记叙了这一时期施琅在郑军中的战斗经历。

十二月，施琅奉郑成功之命，率兵攻破与郑军对抗的揭邑白灰寨，擒获负隅顽抗的李芳，左近各寨闻风慑服。

顺治七年（1650年）正月，郑成功进军至潮阳，施琅奉命率兵攻破了对抗郑军的溪头寨。

二月，郑军进入洋x（左氵右戎）水，攻打恃险不服并抗拒郑军的诸寨。

四月，施琅随郑成功打败九军，&ldo;破其溪头寨之顽恶而险要者&rdo;。

紧接着，郑成功与郑鸿逵合兵攻打新墟寨。

此时，与新墟寨相勾结、打着南明旗号的潮州总兵郝尚久率部驰援新墟寨，郑成功下令攻之，&ldo;左先锋施琅、后镇陈斌等向前，才交一合，左右伏兵齐出，陈斌、施琅跃马冲入敌阵中砍杀，锋不可当。

虏遂奔溃，生擒尚久中军陈禄而回，诸将继进追杀，横尸遍野，尚久仅以身免。

&rdo;五月，郑成功率部转战至揭阳，施琅再行招抚，接收了诏安九甲的农民起义将领万礼，并收编了他所带领的义军数千人。

短短半年多的时间里，施琅随郑成功转战各地，犹如龙归大海一般，纵横驰骋，所向披靡，攻城拔寨，连获大捷，之后继续采取寓抚于剿、以剿逼降的策略，取得了显著成效，充分展示了施琅知兵善战、富于谋略的军事才干，在郑军中树立起了很高的威望，赢得了将士们的信赖和尊重。

其所率领的左先锋镇，成为了郑军中作战能力最为强悍的一支部队。

1650年8月，施琅跟随郑成功回到了福建。

郑成功的军队力量虽然不断壮大，但所占据之地盘却甚为狭小，缺乏一个稳固的后方和长久的立足之地，郑成功深以为忧。