二月初七日，左良玉所统主力和陕西官军，同张献忠部义军在四川太平（今万源县）玛瑙山遭遇。

义军据守山顶，准备迎敌。

左良玉由于新受命为大将，求功心切，在察看了地形险易后，下令由他自己统率的军队担任中路和右路，陕西兵为左路，以击鼓为号，同时发动进攻。

起义军虽然拚命反击，终因力量不敌，被官军攻上山头，老营也遭到袭击。

献忠大败，部卒牺牲了三千五百多人。

他自己用的镌有&ldo;天赐飞刀&rdo;字样的大刀，刻有&ldo;西营八大王承天澄清川岳&rdo;字样的虎符、镂金龙棍，令旗、令箭、卜卦用的金钱以及妻妾敖氏、高氏等七口都被官军掳获。

十反王杨友贤投降。

献忠的军师潘独鳌躲在树林里也被官军搜获。

杨嗣昌命令把敖氏、高氏和潘独鳌关进襄阳监狱，飞章向朝廷报捷。

朱由检得报后欣喜异常，除了颁发赏银等物以外，还命新任兵部尚书陈新甲制定将领立功赏格，催促杨嗣昌乘胜进军（25）。

三月初九日，陕西官军贺人龙、李国奇部在韩溪寺（26）又大败张献忠起义军。

起义军阵亡一千三百人，献忠部将左营一条龙（薛成才）、右营顺天王（贺国现）领着两千多人投降。

次日，官军追到盐井，起义军又损失六百五十一人，前营二隻虎带着一千多人投降。

但这时张献忠部仍有相当实力，在西撤途中将四川官军张令部六千人包围在柯家坪，直至湖北官军赶到后，献忠才解围而去。

三月十五日，陕西官军又追杀起义军于木瓜溪，义军战士牺牲了一千二百多人。

张献忠在连遭重大挫折以后，领着残兵败卒进入荒山野岭，躲过官军的追剿。

就当时的形势来说，张献忠的处境是十分险恶的。

杨嗣昌毫不掩饰自己洋洋得意的心情，多次在给朝廷的奏疏和给其他官僚的信函里，预言张献忠的被&ldo;擒斩&rdo;已经指日可待。

然而，同他的预料相反，张献忠部义军终于度过了难关，在崎岖的征途上又胜利前行了。

这里的原因有三：一是张献忠和他的忠实部下，没有因为敌人的强大和自己的屡遭挫折而悲观失望；二是山中的老百姓给了义军以很大的帮助，他们不仅拿出了食盐、粮草等生活必需品支援起义军，还对官军封锁义军的行踪，帮助起义军探听官军的动向；三是统治阶级内部的矛盾逐渐激化，使他们不可能齐心合力地追剿起义军。

前两个原因比较明显，这里着重谈谈第三个原因，即统治集团内部文官武将之间矛盾的激化。

玛瑙山战役以后，左良玉神气起来，认为自己在这次战役中立下大功，是违背杨嗣昌的部署才取得的，从此就不把杨嗣昌放在眼里。

杨嗣昌命他乘胜追击，他偏按兵不动。

杨嗣昌亲笔写信给他晓以利害：

&ldo;圣意所重，全在逆献一人。

深箐四壁，险峻难逃。

将军在彼，严督穷搜，断可必得。